J. H. Pilates fue un niño enfermizo, lo que le llevó a estudiar el cuerpo humano y la manera de fortalecerlo mediante el ejercicio. De esta manera, con el tiempo llegó a ser un gran atleta. Fue en Inglaterra donde comenzaría a desarrollar su método al ser internado durante la Primera Guerra Mundial, debido a su nacionalidad alemana, en un campo de concentración. Trabajando como enfermero, desarrolló una metodología para mejorar el estado de salud de otros internos mediante el ejercicio. Para los más débiles y enfermos montó sobre las camas un sistema de poleas y cuerdas para ejercitar los músculos, lo cual fue el origen de algunos de sus posteriores aparatos (reformador, trapecio, silla y barril). Con el tiempo desarrollaría un gran número de ejercicios para ser realizados en ellos, así como otros para ser practicados simplemente en el suelo, sobre una colchoneta

En 1923 se trasladó a Estados Unidos y montó en Manhattan, junto a su esposa Clara, un estudio para enseñar su método. Pronto se hizo popular entre coreógrafos y bailarines, cuyas lesiones derivadas del entrenamiento intensivo les obligaban a pasar largos periodos de recuperación e inactividad.

Con el paso de los años, el pilates ha evolucionado, creándose nuevos aparatos de apoyo y formas de realizarlo, aunque la esencia se mantenga en todos ellos. También se han creado otros sistemas que combinan el pilates original con distintas disciplinas, como el yogalates, creado por Louise Solomon, que mezcla yoga con pilates; el yogilates; o el pilates con chi, que incorpora al método el concepto del qi (chi) o energía vital, propio de la medicina china tradicional, otros como el llamado método FisioPilates.

El método FisioPilates es un método de ejercicio de alta intensidad y bajo impacto que contribuye a reorganizar la mecánica corporal, ofreciendo a quienes lo practican una importante reducción del estrés osteo-muscular, adaptado por el fisioterapeuta y estudiante de medicina colombiano Jose Gabriel Jiménez, así como también el pilates deportivo que ha tenido mucho auge en los últimos años en Colombia, destacado por la Fisioterapeuta, especialista en Actividad Física, Luisa Fernanda Carrillo Estupiñan.